Jernej Ule je diplomiral na Univerzi v Ljubljani leta 1999. Doktorat je prejel na Univerzi Rockefeller leta 2004 pod mentorstvom Roberta B. Darnella, kjer je nadaljeval kot podoktorski sodelavec do junija 2006. Nato je v laboratoriju MRC za molekularno biologijo v Cambridgeu, Združeno kraljestvo, ustanovil svojo raziskovalno skupino in tam deloval do leta 2013. Aprila 2013 se je preselil na University College London, kjer dela kot profesor na oddelku za molekularno nevroznanost. Njegova raziskovalna skupina deluje na inštitutu Francis Crick in na inštitutu za nevrologijo UCL. Njegove raziskave so financirane predvsem s sredstvi Evropskega raziskovalnega sveta in angleškega sklada Wellcome Trust.

Jernejeva raziskovalna skupina razvija nove tehnike za preučevanje medsebojne vezave med beljakovinami in RNK na transkriptomskem nivoju. Prikazali so, da položaji vezave med beljakovinami in RNK sledijo splošnim zakonitostim, kar je mogoče uporabiti za napovedovanje regulacije genov. Skupina je prav tako razkrila prej še nepoznane vloge transpozicijskih elementov, ki tvorijo več kot polovico človeškega genoma. Ti elementi se vežejo na določene proteine, ki regulirajo gensko ekspresijo. Leta 2015 je skupina poročala o vlogi rekurzivnega izrezovanja pri uravnavanju izražanja dolgih genov v možganih, poleg tega pa je tudi razkrila pomen strukturnih povezav v območju 3' UTR informacijskih RNK, ki uravnavajo stabilnost teh RNK. Trenutno skupina preučuje tudi delovanje proteinov, ki se vežejo na RNK in so vpleteni v nevrološke bolezni. Nadaljnji opis njegovega trenutnega raziskovalnega programa je mogoče najti na http://ulelab.info.

Jernej je začel sodelovati z raziskovalci na Univerzi v Ljubljani (UL) leta 2005. Do leta 2016 je bil somentor dvema doktorskima študentoma, šest drugih članov UL pa je opravilo del svojega magistrskega, doktorskega ali podoktorskega dela v njegovem laboratoriju. Leta 2007 je začel tesno sodelovati s Tomažem Curkom (Fakulteta za računalništvo in informatiko na Univerzi v Ljubljani) in Borisom Rogljem (Inštitut Jožef Štefan v Ljubljani), kar je privedlo že do več skupnih publikacij. To sodelovanje financira tudi Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (J7-5460). Junija 2015 je bil Jernej izvoljen v odbor Svetovne mreže Univerze v Ljubljani (SMUL). Ključna motivacija za njegovo vključitev v SMUL je nadaljnja podpora mednarodnemu sodelovanju in mobilnosti raziskovalcev.