Prof. dr. Štrukelj je soavtor več svetovnih patentnih prijav. Napisal je več kot 180 znanstvenih in strokovnih člankov, objavljenih v več kot stotih pomembnih mednarodnih znanstvenih revijah. Leta 2015 je prejel Zoisovo nagrado za vrhunske dosežke pri sodobnem trajnostnem razvoju farmacevtske biotehnologije v Sloveniji, Minařikovo odličje (2009), Zoisovo priznanje za vrhunske znanstvene dosežke (2007) in nagrado sklada Borisa Kidriča za znanstvene dosežke (1991). Eden od aktualnih dosežkov raziskovalne skupine pod vodstvom prof. dr. Boruta Štuklja je rešitev problema določevanja neznanih spojin peptidnega izvora, njeno uporabnost je prepoznala tudi Svetovna protidopinška agencija (WADA) in finančno podprla projekt.

Je nekdanji dekan Fakultete za farmacijo, zdaj pa vodi skupino za farmacevtsko biotehnologijo in je redni profesor na Fakulteti za farmacijo Univerze v Ljubljani. Predava tudi na Biotehniški fakulteti v Ljubljani. Dopolnilno je zaposlen še na Inštitutu Jožefa Štefana. Vodi štiri različne raziskovalne skupine, tri na Fakulteti za farmacijo in eno na Inštitutu Jožefa Štefana. Do leta 2012 je deloval kot izvedenec v Evropski farmakopeji v Strasbourgu v skupini za farmacevtske biomolekule ter pri evropski Agenciji za vrednotenje zdravil (EMEA). Je član strateškega sveta za zdravila pri Ministrstvu za zdravje. Diplomiral je na oddelku za farmacijo na nekdanji Fakulteti za naravoslovje in tehnologijo UL, doktoriral pa iz biokemije na Fakulteti za kemijo in kemijsko tehnologijo UL. Podoktorsko se je izpopolnjeval na Institutu CPRO-DLO na Univerzi v Wageningenu na Nizozemskem. Leta 2010 je v okviru fundacije Fulbright deloval kot gostujoči profesor na Univerzi Duquesne v Pittsburghu, ZDA.