Časovna in prostorska genetska analiza virusa Ebola med epidemijo v zahodni Afriki (Medicinska fakulteta Univerze v Ljubljani)

Avtorici: Tatjana Avšič Županc, Miša Korva

Virus Ebola je v zahodni Afriki zahteval več kot 11.000 življenj ter imel usoden družbeni in gospodarski vpliv. Epidemija se je začela s smrtjo dveletnega dečka, ki se je okužil ob stiku z okuženim netopirjem v Gvineji. Epidemija se je razširila v Liberijo in Sierra Leone. Strokovnjaki so posumili, da se virus Ebola prilagaja človeku, se hitreje širi znotraj populacije ter da morebitne genetske spremembe pomenijo dodatno oviro pri razvoju cepiva, specifičnega zdravljenja in diagnostike. Prof. dr. Avšič Županc in dr. Miša Korva aktivno sodelujeta v konzorciju Evropskega mobilnega laboratorija, ki je ob izbruhu epidemije prvi posredoval na terenu in postavil sodoben terenski laboratorij.

Raziskava, objavljena v reviji Nature, razkriva epidemiološko in evolucijsko zgodovino epidemije od marca 2014 do januarja 2015. Popoln genetski zapis 179 virusnih izolatov sta avtorici določili z globokim sekveniranjem. Z matematičnim modeliranjem genetskih zaporedij virusa sta potrdili enkratni vnosa virusa iz narave v človeško populacijo. Iz epicentra v Gvineji se je virus nenadzorovano širil med prebivalci, pri čemer sta se oblikovali dve genetski liniji. Medtem ko so genetsko linijo A zamejili v prvih 4 mesecih po začetku izbruha, se je linija B razširila v Liberijo in Sierra Leone. Raziskovalki sta ugotovili, da genetske spremembe v virusu skozi čas potekajo počasneje kot sta predvidevali in da so mutacije v virusnem glikoproteinu, ki je tarča delovanja specifičnih zdravil in novih cepiv, relativno majhne.  

Vir: CARROLL, Miles W., MATTHEWS, David A., HISCOX, Julian A., ELMORE, Michael J., POLLAKIS, Georgios, RAMBAUT, Andrew, KORVA, Miša, AVŠIČ-ŽUPANC, Tatjana, et al. Temporal and spatial analysis of the 2014-2015 Ebola virus outbreak in West Africa. Nature, ISSN 0028-0836., 6. avg. 2015, vol. 524, iss. 7563, str. 97-101, doi: 10.1038/nature14594.