Rektor
Rektor vodi, zastopa in predstavlja univerzo.

Senat 
Senat je najvišji strokovni organ univerze. Za člane senata (senatorji) so lahko izvoljeni učitelji članic, ki so zaposleni na univerzi s polnim delovnim časom, in študentje. Za člana senata univerze je lahko izvoljen tudi učitelj medicinskega kliničnega predmeta, ki ni zaposlen na univerzi s polnim delovnim časom.

Upravni odbor 
Upravni odbor je organ upravljanja, ki odloča zlasti o zadevah gospodarske narave in skrbi za nemoteno materialno poslovanje Univerze.

Študentski svet
Študentski svet univerze je organ študentov univerze. Študentski svet sestavljajo predsedniki in podpredsedniki študentskih svetov članic univerze.