V študijski program 2. stopnje se lahko vpiše kdor je končal:
a) univerzitetni študijski program sanitarno inženirstvo prve stopnje
b) visokošolski strokovni ali štiriletni dvostopenjski visokošolski vzgojno izobraževalni študijski program Sanitarno inženirstvo; štiriletni dvostopenjski visokošolski vzgojno izobraževalni študijski program Sanitarno inženirstvo, potrjen leta 1993 in sprejet na podlagi Zakona o usmerjenem izobraževanju, ki se je izvajal od študijskega leta 1993/94 do študijskega leta 1995/96. V študijski program so se lahko vpisali diplomanti, ki so zaključili višješolski študijski program Sanitarno inženirstvo. Študentje vpisani v ta program so imeli, na podlagi 88. člena Zakona o visokem šolstvu, pravico zaključiti študij do 30.09.2000
c) študijski program prve stopnje z drugih strokovnih področij (ovrednoten s 240 KT), če dodatno opravijo 10 do 30 kreditnih točk iz nabora obveznih splošnih in obveznih strokovnih predmetov univerzitetnega študijskega programa prve stopnje Sanitarno inženirstvo (Anatomija in fiziologija s patologijo, Biofizika, Matematika, Kemija, Informatika, Statistika, Mikrobiologija in parazitologija, Osnove higiene in etika, Osnove ekologije, Specialna biofizika, Biokemija, Analizna kemija, Konstrukcijski sklopi stavb, Higiena in ergonomija dela, Dezinfekcija, dezinsekcija in deratizacija, Komunalna higiena, Epidemiologija, Sanitarno inženirstvo v izjemnih razmerah in prva pomoč, Higiena objektov in procesov, Upravni postopek s sanitarnim in ekološkim pravom, Bioklimatsko načrtovanje, Delovno in bivalno okolje, Ozračje in njegova onesnaženost, Tehnologija in varnost živil, Gospodarjenje z odpadki, Tehnologija in tehnika pitnih in odpadnih voda, Energija in okolje, Pridobivanje, vodenje in izvajanje projektov. Obveznosti se določijo glede na različnost strokovnega področja in jih za vsakega posebej določi pristojna študijska komisija, kandidat mora te dodatne izpite opraviti pred vpisom v magistrski študij
d) študijski program prve stopnje z drugih strokovnih področij (ovrednoten s 180 KT), če kandidat dodatno opravi manjkajočih 60 KT (do skupnega nabora 240 KT) ter dodatnih 10 do 30 kreditnih točk iz nabora obveznih splošnih in obveznih strokovnih predmetov univerzitetnega študijskega programa prve stopnje Sanitarno inženirstvo (Anatomija in fiziologija s patologijo, Biofizika, Matematika, Kemija, Informatika, Statistika, Mikrobiologija in parazitologija, Osnove higiene in etika, Osnove ekologije Specialna biofizika, Biokemija, Analizna kemija, Konstrukcijski sklopi stavb, Higiena in ergonomija dela, Dezinfekcija, dezinsekcija in deratizacija, Komunalna higiena, Epidemiologija, Sanitarno inženirstvo v izjemnih razmerah in prva pomoč, Higiena objektov in procesov, Upravni postopek s sanitarnim in ekološkim pravom, Bioklimatsko načrtovanje, Delovno in bivalno okolje, Ozračje in njegova onesnaženost, Tehnologija in varnost živil, Gospodarjenje z odpadki, Tehnologija in tehnika pitnih in odpadnih voda, Energija in okolje, Pridobivanje, vodenje in izvajanje projektov. Obveznosti se določijo glede na različnost strokovnega področja in jih za vsakega posameznika posebej določi pristojna študijska komisija, kandidat mora te dodatne izpite opraviti pred vpisom v magistrski študij
e) visokošolski strokovni študijski program z drugih strokovnih področij (180 KT), sprejet pred 11.6.2004, če kandidat dodatno opravi manjkajočih 60 KT do skupnega nabora 240 KT ter dodatnih 30 do 60 kreditnih točk iz nabora obveznih splošnih in obveznih strokovnih predmetov univerzitetnega študijskega programa prve stopnje Sanitarno inženirstvo (Anatomija in fiziologija s patologijo, Biofizika, Matematika, Kemija, Informatika, Statistika, Mikrobiologija in parazitologija, Osnove higiene in etika, Osnove ekologije, Specialna biofizika, Biokemija, Analizna kemija, Konstrukcijski sklopi stavb, Higiena in ergonomija dela, Dezinfekcija, dezinsekcija in deratizacija, Komunalna higiena, Epidemiologija, Sanitarno inženirstvo v izjemnih razmerah in prva pomoč, Higiena objektov in procesov, Upravni postopek s sanitarnim in ekološkim pravom, Bioklimatsko načrtovanje, Delovno in bivalno okolje, Ozračje in njegova onesnaženost, Tehnologija in varnost živil, Gospodarjenje z odpadki, Tehnologija in tehnika pitnih in odpadnih voda, Energija in okolje, Pridobivanje, vodenje in izvajanje projektov. Obveznosti se določijo glede na različnost strokovnega področja in jih za vsakega posameznika posebej določi pristojna študijska komisija, kandidat mora te dodatne izpite opraviti pred vpisom v magistrski študij.
Pogoje za vpis izpolnjujejo tudi kandidati, ki so končali enakovredno izobraževanje kot je navedeno v točkah od a) do e) v tujini in se vpisujejo pod enakimi pogoji, kot veljajo za kandidate, ki so zaključili svoje šolanje v Sloveniji.
Vsi kandidati morajo pri prijavi izkazati znanje slovenskega jezika na ravni B2 glede na skupni evropski referenčni okvir za jezike (CEFR) z ustreznim potrdilom. Ustrezna dokazila o izpolnjevanju tega vpisnega pogoja so:
- potrdilo o opravljenem izpitu iz slovenskega jezika na ravni B2 ali enakovredno potrdilo,
- spričevalo o zaključeni osnovni šoli v RS ali zaključeni tuji osnovni šoli s slovenskim učnim jezikom,
- maturitetno spričevalo ali spričevalo zadnjega letnika izobraževalnega programa srednjega strokovnega izobraževanja, s katerega je razviden opravljen predmet Slovenski jezik,
- spričevalo o zaključenem dvojezičnem (v slovenskem in tujem jeziku) srednješolskem izobraževanju ali o zaključenem tujem srednješolskem izobraževanju s slovenskim učnim jezikom,
- diploma o pridobljeni izobrazbi na visokošolskem zavodu v RS v študijskem programu, in potrdilo (izjava), da je kandidat opravil program v slovenskem jeziku.