Univerza v Ljubljani je leta 2007 v skladu s smernicami, sprejetimi v okviru evropskega združenja univerz (EUA), s sklepom rektoričinega kolegija in na Senatu UL sprejetimi nalogami, oblikovala Doktorsko šolo in s tem prevzela institucionalno odgovornost za doktorski študij na programih vseh znanstvenih disciplin, ki jih gojimo na Univerzi. Univerza v Ljubljani se je s strategijo za obdobje 2012-2020 zavezala h krepitvi Doktorske šole. 

S sklepom o ustanovitvi Doktorske šole UL je Senat UL 30. 5. 2017, po približno 10 letih delovanja, tudi formalno potrdil organe ter organizacijo Doktorske šole.

Predstojnik/-ca vodi in predstavlja Doktorsko šolo.

Osnovna cilja Doktorske šole sta kakovost doktorskega študija na Univerzi v Ljubljani in prepoznavnost te kakovosti v slovenskem in svetovnem visokošolskem prostoru.

V okviru Doktorske šole deluje posvetovalno telo, svet skrbnikov doktorskih študijskih programov. Skrbniki vodijo, usklajujejo in predstavljajo doktorske študijske programe. Svet skrbnikov sodeluje s senati članic, programskimi sveti interdisciplinarnih oz. skupnih doktorskih študijskih programov in raziskovalnimi inštituti.

Za usklajevanje dela med Doktorsko šolo in Senatom univerze ter članicami univerze skrbi Komisija za doktorski študij Univerze v Ljubljani.