Na Univerzi v Ljubljani je trenutno akreditiranih 21 doktorskih študijskih programov 3. stopnje, ki jih  organizirajo in izvajajo posamezne članice. So večinoma interdisciplinarni in obsegajo različna znanstvena področja. Med seboj se razlikujejo tudi po načinu koordinacije.

Doktorski študijski programi študentom omogočajo poglobljeno razumevanje teoretskih in metodoloških konceptov ter usposobljenost za samostojno razvijanje novega znanja in reševanje najzahtevnejših delovnih sistemov ter znanstvenoraziskovalnih projektov s širokega strokovnega oziroma znanstvenega področja in razvijanje kritične refleksije. Obvezen sestavni del teh programov so tudi temeljne in aplikativne raziskovalne naloge.

Trajajo tri leta in obsegajo 180 kreditnih točk po ECTS. Študenti študijskih programov 3. stopnje morajo opraviti 60 kreditnih točk organiziranih oblik pouka, izdelati doktorsko disertacijo ter kot zaključek samostojnega raziskovalnega dela pred zagovorom disertacije objaviti najmanj en znanstveni članek s prvim avtorstvom.

Doktorsko disertacijo kandidati zagovarjajo v obliki javnega zagovora pred komisijo. Z uspešnim zagovorom doktorske disertacije študent v skladu z zakonom in študijskim programom pridobi znanstveni naslov doktor/doktorica znanosti. Slovesno promocijo novih doktorjev/doktoric znanosti opravi rektor.